Работать надо не по часам, а головой. Это во-первых. Во-вторых, если предварительно не было согласовано использование шпионского ПО - это вообще уголовка, вы, вероятно воруете у него пароли, явки и кредитки. Ну то есть он так может сказать и будет абсолютно прав, жлобов надо наказывать. Как именно, кроме очевидно кривой метрики "открыт проект - не открыт проект" вы вообще собрались замерять производительность программиста, кроме как короткими спринтами и фиксацией задач? какая вам разница, чем он занят? Ввязываться же в почасовую оплату - это как платить поэтам построчно - ужасно непродуктивно.