dmitriy

мне кажется здесь автору необходимо знать, верен ли подход получения данных через другой класс,
а как хранить класс в этом файле или в другом дело вкуса.
Aggregate Root .
Если UserLinks объект не может существовать без объекта User, то User выступает в роли родительского элемента в узле через которого происходит получение дочерних элементов.

примените схему настроек окружения , например testing, development, production
в зависимости от окружения накатывать соответствующие миграции.

codeship.io отлично деплоит проекты с bitbacket на любой сервер по ssh с помощью rsync за секунды (100 деплоев в месяц бесплатно)

если простой фрейм то CodeIgniter в самый раз

использовать composer для сборки проекта, ядро будет в виде отдельного git репозитория

Патерн репозиторий
в рабочем варианте
$PostRepository = new PostRepository($DBStorage);
при тестировании

$PostRepository = new PostRepository($MemoryStorage);

как вариант начать каркас без фраймеворка а дальше собрать свой вариант движка

Вообще к архитектуре это по сути не относиться, в системе есть сущность Модуль, сущность хранит данные в базе - это нормально. Необходимость в этом возникла в результате установки/удаления модулей из админки cms.

скорее всего буду использовать rsync + phing
спасибо за наводку

в SourceTree есть встроенный gitflow, инициализируйте и используйте, он как раз организует работу с master, develop, hotfix

да, нормальный подход из принципа SOLID (в вашем случае принцип инверсии зависимостей D). когда будите тестировать MyHelperClass вы создадите тестируемый объект максимально изолированно от других классов
$this->object = new MyHelperClass([1, 2, 3, 4], $mosk);

объект $mosk будет возвращать заранее подготовленный результат

https://tagmycode.com
есть плагин для NetBeans

если у вас этот кусок кода будет использоваться только во вьюхе то его можно там и оставить, так как правильно это логика связана с выводом. Если часть кода будет использоваться не только здесь то имеет смысл вынести куда нибудь, это может быть хелпер с набором простых функций или статический класс, это может быть фабрика для генерации UI элементов, но кидать в модель не очень правильно так как это не относится к модели а относится к интерфейсу приложения.

habrahabr.ru/post/258693

может отсюда решение подойдет Что делать с измененными пакетом в папке vendor?

вы можете перенаправить библиотеку на каталог вне vendor:
1.вынести в src/
2.прописав
"autoload": {
"psr-4": {
"VendorName\\ProjectName\\": "src/ProjectName/"
}
},

3. обновится

при подключении например класса new VendorName\ProjectName\ClassName()
будет подключатся вынесенный из вендора файл

Многие компании используют оклад + бонусы за выполненную работу. Бонус например складывается из кол-ва в срок выполненных задач, сложность выполненных задач, вклад в развитие ядра системы или внутренних проектов компании. Оклад зависит от уровня знаний программиста (новичек,средний, старший, гуру). Обычно при поиске работника светят максимальной зарплатой, а при испытательном сроке используют мин. а потом корректируют по итогам работы.
Например работал в компании где бонус формировался из таких условий: кол-во прочтенной технической и художественно литературы, кол-во описанных (своих рабочих) бизнес процессов в MS Visio, занятие спортом, участие в группе по интересам компании.
При оценки зарплаты отталкиваюсь от норма часа который для себя выявил в результате работы на фрилансе