в серьезных есть MS Project, к нему уже достраиваются разные интеграции, с тем же шарпоинтом и т.д., т.е. если инфраструктура есть, она, как правило, Microsoft , ну, кроме 1С
Джира и надстройки над ней
за несоблюдение не наказывать, но вежливо напоминать "уже месяц не можем решить то то и то то", "молодцы, всего за 10 дней справились, премия"