$ npm install -g bower делали? т.е. ставили сам bower?
т.е. npm это пакетный менеджер для node и он ставится по умолчанию вместе с node.js. bower это тоже пакетный менедежер но для внешних модулей (плагины всякие там). Т.е. ставим node.js, потом bower и gulp.
По gulp лучше еще раз пересмотреть. Там для начала работы нужно создать gulpfile.js - файл с инструкциями для сборки
Я учился по этой
статье. Старенькая, но общий смысл не сильно поменялся.
Файлы package.json и bower.json всего лишь запоминают ваши установки и позволяют быстро развернуть окружение для нового проекта