Для получения ссылок используйте функции чтения файлов. Если файл небольшой, и поместиться в память, можно прочить его сразу весь (file, file_get_contents). Если там гигабайты, то используйте построчное чтение (функции открыть, закрыть файл, прочитать строку).
Для записи результатов в файл, используйте функции записи, целиком или с дописыванием file_put_contents, либо построчно (функции открыть, закрыть файл, записать строку).
Для выполнения задержки можно использовать функцию sleep.
Описания всех фукнций на русском языке можно найти в официальном мануале языка php.
Возникнут конкретные трудности - зададите вопросы, сейчас больше помочь нечем.
Клим Куликов, поставить кнопки на место можно, только изучив стили в тулзах. Это доступно только вам. Как вариант, можете сделать пример воспроизводящий поведение в песочнице или дать ссылку на страницу. Тогда кто-то сможет посмотреть.
Инспектируйте кнопки, смотрите, какие стили к ним применяются, вносите соответствующие исправления.
Здесь нет проблемы. Нужна только отладка кода - рабочие будни разработчика.
Есть фреймворки. В них есть средства автоматической генерации CRUD страниц для таблицы.
Конечно, это не исключает ручной работы.
Полностью автоматических неинтеллектуальных систем нет, и вряд ли они возможны.
Заказывать новый сайт.
Требовать исходники по окончании работ, все необходимые доступы, инструкции по развертыванию, какую-то минимальную документацию/описание что и как работает/на чем сделано и т.п.
Лучше в виде репозитория на гитхабе, владельцем которого вы являетесь.
Если исполнитель не будет заниматься дальнейшей поддержкой, сменить все пароли на свои.
Для будущих доработок, выдавать исполнителям временные учетки.
Вроде бы простые правила. Это же ваш продукт, вам и заботиться о его сохранности.
Для записи результатов в файл, используйте функции записи, целиком или с дописыванием file_put_contents, либо построчно (функции открыть, закрыть файл, записать строку).
Для выполнения задержки можно использовать функцию sleep.
Описания всех фукнций на русском языке можно найти в официальном мануале языка php.
Возникнут конкретные трудности - зададите вопросы, сейчас больше помочь нечем.