<input type="checkbox" name="mycheck[id1]" value="Y">
<input type="checkbox" name="mycheck[id2]" value="Y">
$s = ['id1'=>'N', 'id2'=>'N'];
$r = array_merge($s, $_POST['mycheck']?:[]);
var_dump($r);
//Array (
// [id1] => N
// [id2] => Y
//)
И еще wrapper flexом делать крайне не желательно, так как это обертка для всех компонентов.
<div class="wrapper">
<div class="site">
<div class="header">header</div>
<div class="content">content</div>
<div class="footer">footer</div>
</div>
...other compoenents
</div>
.site { display: flex; ...}