"0" === "00"
форматировать числа нужно в самом конце, когда все вычисления уже сделаны, перед выводом их на страницу.
что касается копеек, это тоже по сути форматирование при выводе.
const price = 123.45;
const ruble = Math.floor(price);
const penny = Math.round((price - ruble) * 100);
$('.ruble').html(ruble);
$('.penny').html(penny);
//<span class="ruble"></span> <span class="penny"></span>
то все его тонкости можно дня за 3 выучить