deleted-tnorman

Как верно заметили, чтобы было на миникарте, надо, чтобы было видно и в самом редакторе.
Вариантов мне видится два:
1. Подправить соответствующий tmLanguage, добавив туда правило для такого особенного комментария и выставив ему нужный контрастный цвет
2. Написать (или поискать) плагин, который делал бы аналогичное без правки описания синтаксиса языка: находил бы нужные комментарии и навешивал на них регионы (API функции add_regions). Единожды навешенный, такой регион сам смещается куда надо при редактировании и подсвечивает ту же область. Так что можно сделать и более гибко: по сочетанию клавиш вставлять такой комментарий и сразу его подсвечивать, тогда не придётся вообще ничего парсить.

Если не найдете подобного плагина и захотите реализовать, напишите, скооперируемся.

эм...да как и везде
background-color: #fff;

var offsettop = $(this).offset().top;
var offsetleft = $(this).offset().left;

Не так ты делаешь довольно много.
Основная ошибка - это просто открыть файл в браузере. Этого не достаточно для того, бы заработал PHP.

Скачай и установи себе
open-server.ru

Там у тебя будет папка которая будет открывать по пути, который уже будет обрабатываться твоим компьютером как сервером.
И PHP тебе выведет тот текст, который ты написал.

<div class="success alert alert-success" role="alert">
        <% if (description) { %>
               <p class="description"> <%= description %> </p>
       <% } %>
       <p><%= message %></p>
   </div>

<%= description %> - c = используется если переменная содержит html код,
<%- description %> - c - используется если переменная содеержит просто текст

Попробуйте так

<script class="tpl_container" type="text/template" data-name="type">
   <div class="success alert alert-success" role="alert">
      <% if (typeof(description ) != "undefined") { %>
         <p class="description"> <%= description %> </p>
      <% } %>
       <p><%= message %></p>
    </div>  
</script>

How to use if statements in underscore.js templates?

<%if(typeof description !== "undefined" ){%>
<p class="description"> <%= description %> </p>
<%}%>

Проверку можешь подогнать под свое условие

SVG.

Извините за флуд, но решение нашёл сам :)

document.getElementById("button").addEventListener('click', function (e) {deepThought.alertAnswer();});

А если EventListener нужно добавить внутри другой функции объекта deepThought, то оно должно выглядеть так:

var deepThought = {
    ...
    onLoad: function () {
        var a = this;
        document.getElementById("button").addEventListener('click', function (e) {a.alertAnswer();});
    }
}

Например создать объект с помощью new function, сохранить ссылку в переменной на сам объект и обращаться из метода к объекту не через this, а через эту переменную:

var deepThought = new function() {
                var self = this;

                this.answer = 42;

                this.alertAnswer = function() {
                    alert(self.answer);
                };
            }

По своему опыту скажу что хороших книг которые научат всему нет.
Купил книгу PHP5 В ПОДЛИННИКЕ и даже до половины не дошёл.
Главное это практика, просто очень много писать код и читать статьи на хабре и других сайтах.
Единственная книга которая мне помогла это учебник по ООП в котом не было ни строчки на PHP