Я помню с похожим сталкивался, везде только какую-то часть объесняют, а целой картины как-то не получается.
Поэтому советую сделать просто какой-то небольшой проект и нужную информацию и теорию читать по мере надобности.

У нас пять серверов в hetzner и несколько больших во внутреней сети, на них на всех крутяться контейнеры для разных вещей(mysql, mssql, bind, openvpn, etc). Начали со всем этим, где-то года три назад. Проблемы были, но небольшие и они уже исправлены, последние где-то месяцев 10 я ничего не вспомню.
Если вы хотите CI/CD, то смотрите в сторону kubernetes. Его главный плюс, что можно всем управлять через API. Мы к этой идеи тоже пришли и я буквально неделю назад закончил установку kubernetes'а на трех серверах у hetzner и начал туда переводить наши сервисы.
У докера я вижу два главных преимушества:
1. Очень чёткое разделение между данными и системой. Выводишь нужные данные на volumes и делаешь с них бэкапы. Если сервер сгорел, заливаешь образы для docker'а и накатываешь данные и готово.
2. Повторяемость окружения.

Я использую BorgBackup. Он у меня везде работает и я даже собственное творение сделал для docker'a и kubernetes'a.
Отличительная черта у него, что он делает всегда full backup, но повторяющиеся блоки просто референцирует на уже сущетвующие. В итоге при востановлении не надо сперва востонавливать сначала fullbackup, а потом каждый инкримент. Ну и из коробки он так-же делает дедупликацию и архивацию, плюс всё зашифрованно.
Для примера у меня (на работе) есть файловая помойка на 2,8Т и бэкап на 60 дней занимает 1,4Т.

Придумываешь вещь, которая тебе интересна и чтобы можно было другим показать (очень важный, но часто упускаемый момент) и делаешь. Смотришь книги к теме если надо, читаешь форумы. Вообщем собираешь на тему информацию.
Не учи тупо теорию, она без практической части бесполезна. Не думай, что если прочитаешь несколько(или много) книг, то будет всё понятно.
Я по похожему пути иду. )