IDE и прочие инструменты — в Макоси, в местах по умолчанию, не вижу смысла тут что-то мудрить (приложения в Applications, git из package, документы и проекты — в соответствующих разделах пользовательской директории). Серверные окружения для тестов, с серверами, базами и логами — на соответствующих виртуалках. Деплой на виртуалку либо автолоадом из IDE, либо гитом.