Покаяться.
Объясните заказчику, что задачку изначально недооценили. Поэтому и времени ушло больше. Расскажите, что именно хорошего сделано. Какие возможности и перспективы открывает ваша работа.
Потом можно попросить денег. Можно все это сделать в одном письме.
Если заказчик лояльный, может и поднять.