Максим Е

Вам надо смотреть не на виртуальную машину под Виндой, а на другие сервера и их использование IO. В proxmox выполните iotop и поймете какая виртуалка грузит, если это "обнаглевшая ВМ", то ограничьте ей потребление диска или перенесите на другой диск.

У меня на боевых виртуалках с не SSD дисками IO по графику в proxmox не поднимается выше 300 К, при бекапах выше 1,5 М.

Используйте ionCube для шифрования файлов конфигурации. Хотя если есть SSH к серверу, то не поможет.

переключиться между внтками в Git, то снова приходится долго

а почему долго?
Синхрон через sftp как поживает с git-ом? Зачем и то и другое?
Разработку веди на локальной машине, пуш в гит на удаленном серваке.

array_multisort

В проде используем proxmox, не жалуемся.

Если для 5.6 использовали актуальные решения (используется PDO или mysqli на крайний случай), то скорее всего все будет работать.

Даже под оффлайн-проект я приспособил BILLmanager. До 50 клиентов бесплатно.

Проблема в том, что если просто изменю в настройках постоянных ссылок, то старые проиндексированные страницы будут недоступны.

Уверены?

Пытаетесь логику WP сломать.
/портфолио/ - это архив записей. можете сделать на нем отображение контента статичной страницы.

Есть материал по иерархии шаблонов WP

/var/www/www-root/data/www/domen.net/games/

Пришлите содержимое .htaccess. Строки

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

должны проверять на наличиие папок и файлов, но можно что-то типа RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/(magazine) [NC]

Qiwi сделали api https://developer.qiwi.com/qiwiwallet/qiwicom_ru.html
Возможно в будущем сделают оплату по свободным реквизитам.

Я бы советовал поставить piwik или подобное решение к себе на сервер и пользоваться с удовольствием.

Если прямо с полной эмуляцией, то тестировать можно на crossbrowsertesting.com. А если просто размер окна менять, то у FireFox есть режим адаптивного просмотра в инструментах разработчика.
Есть статья по Вашему вопросу на Хабре

А домен кому принадлежит?
Делайте копию сайта, разворачивайте домен на новую копию и все.
Можете сделать даже html-версию сайта на первое время.