Все просто, вам нужно добавить исключения в ЧПУ покажу на примере битрикс, знак НЕ это
!
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f # если это не файл
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-l # и если это не линка
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d # и если это не директорие ( то есть по сути любые физические файлы и каталоги)
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !/bitrix/urlrewrite.php$ # и внимание если это этот файл ! в данном случае чтб небыло цикла.
RewriteRule ^(.*)$ /bitrix/urlrewrite.php [L] # То перенаправить все запросы туда
И так вам нужно будет добавить конд с условиями, если это физические файлы и каталоги.
Если же нет то вам нужно использовать не %{REQUEST_FILENAME} а %{REQUEST_URI} , а вот если в урле будут еще и GET параметры конструкция еще увеличится.
В общем нужны конечные урлы. ;)