Название вопроса "Работа с двумя БД Mysql Php?" не корректно. Вы используете одну БД, но две таблицы.
По факту правильнее будет использовать ОДНУ таблицу. И в ней добавить поле , что-то типа
subscription_type. Тогда и не придется искать сначала в одной , а потом в другой таблице. А если появится еще один тип подписки, вы будете третью таблицу создавать и искать по трем ? )).
Итак : одна таблица и сколько угодно типов подписки. Соответственно, работаете с этой ОДНОЙ таблицей, что вы уже умеете.
PS
"SELECT `user_id` , `username` FROM `signup`, signup1` WHERE username = '$user_username' AND password = SHA('$user_password')" . - никогда не вставляйте данные от пользователя напрямую в запрос! Это еще один смертный грех. Плейсхолдеры, PDO - дают надежду ))