chupasaurus

1. Остаются в нижних (образ представляет из себя типичный стек/пирамидку, слои накладываются сверху на базовый), если они там были
   
2. Нельзя без монтирования с хоста, т.к. их нет в верхнем слое
   

Создать контейнер из образа ubuntu 16 и потом apt install nginx?

можно ли в подах запускать виндовые gui app

1. Контейнеры на диске лежат послойно в data-root/overlay2/ (data-root - это параметр Docker-демона, обычно /var/lib/docker)
   
2. Обычно конфиги монтируют с хоста. В случае с nginx условно

   docker create -v example.conf:/etc/nginx/conf.d/example.conf nginx

   
   
3. Если данные нужны после удаления контейнера, то монтировать с хоста директорию для данных. Сами по себе изменяемые внутри контейнера данные лежат в тех же оверлеях, т.к. контейнер при создании создаёт верхний слой над образом (Можете посмотреть с помощью docker inspect container_name_or_id).
   
4. Если делать всё правильно, то достаточно мигрировать директории с конфигами контейнеров и данными. Если делать всё неправильно (хранить данные внутри контейнера) - есть docker export/import.