1. Поставил по инструкции PHP 7 (https://github.com/kasparsd/php-7-debian)
Собирать php когда в репозиториях Debian он есть, ну как минимум как-то глупо, тем более по сомнительным инструкциям.
2. Поставил по инструкции Nginx 1.13.5 (https://gist.github.com/tollmanz/8662688)
опять же Nginx есть в репозиториях Debian, версия правда 1.13.3, но разве это столь критично, она отлично работает.
Больше в PHP я ничего не менял....
Честно говоря Вы поменяли всё, ведь поставили самостоятельно собранную версию, вместо того чтобы поставить с репозитория уже готовую без костылей, с возможностью обновляться. Вот сначала делаете через жопу, а потом спрашиваете что не так.
да конечно и в таком варианте настройки всё может работать, но Вы усложняете себе жизнь. В данном случае у Вас не работает по причине не верной настройки вот этой диррективы
https://nginx.ru/ru/docs/http/ngx_http_fastcgi_mod...
В Вашем случае должно выглядеть так
fastcgi_pass unix:/run/php7-fpm.sock;
А ссылку на документацию всё равно прочтите.