Если для своих проектов, то переходите на лучшее - освойте RequireJS и т.п, по крайней мере это решит проблему зависимостей.
Всего одна строчка в html загрузит все приложение, зависимости подгрузятся в нужном порядке.
<script data-main="scripts/main.js" src="scripts/require.js"></script>
С чужим кодом - следить за порядком загрузки и зависимостями придется вручную или переписать на RequireJS.
Подключение JQuery
requirejs.config({
"paths": {
"jquery": "//ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.0.0/jquery.min"
}
});
Использование
define(["jquery"], function($) {
$(function() {
});
});