var $scrollTo; // для передачи данных между функциями сохраняем до какого объекта будем скроллить
$("#menu").on("click","a", function (event) {
event.preventDefault();
$scrollTo= $($(this).attr('href'));
$("#menu").collapse(); // сворачиваем меню тут координаты могут поменяться во время сворачивания
});
$('#menu').on('hidden.bs.collapse', function () { // обработчик события уже после того, как меню свернулось
var top = $scrollTo.offset().top; // получили куда скроллить не в объектах, а в пикселях
$('body,html').animate({scrollTop: top}, 600);
});
jQuery(".bx-filter-input-checkbox").on('mousedown', changeCheck);