В IE11 нельзя прижимать футер при помощи flexbox с использованием min-height: 100%, т.к. все дочерние элементы не видят этой высоты. От чего и получается, что один наезжает на другой. Это баг самого браузера.
В данном случае это реализовано у блока .container
Там не плеер, с сайт целиком сделан на ajax. Страница не перезагружается, а обновляются нужные куски.
Ты можешь попробовать использовать этот плагин, что бы загружать контент страниц через ajax.
