Проблема скорее всего в том, что gulp запускает свои задачи асинхронно, т.е. он не запускает одну за другой, а все сразу, и поэтому merge иногда не проходит правильно. У меня было такое, что rev manifest файл вообще частями записывался. И соответственно был не валидным. Что-то вроде того:
{
"bundle.min.js": "bundle-af26fd17a0.min.js"
}4hg28f1v.min.js
Проблему решил последовательным выполнением задач, через return у каждой, но есть
и другие варианты.
