Есть еще папка common, в которой может храниться, то что относиться к обоим приложениям.
Вообще не важно где создавать модельки (не контроллеры), потому что всё равно по неймспейсам получаешь их лоадинг в нужном месте... (Но легче всего создавать в common'e).
А вот контроллеры это уже сам решай, где тебе их создавать, потому что они идут как пути, они получают на вход данные из урла, и скорее всего будут отличаться у фронта и бэкенда.
