Если тебе нужно будет работать с моделями / формами и на фронтенде и на бэкенде то помещай их в папку common/models, например модель Users с помощью которой ты выводишь список пользователей, она тебе будет нужна как в фронтенде так и в админке, ее следует поместить в коммон, если же ты пишешь например модель Comments которая будет выводить комментарии к определенному посту, но ты не будешь выводить комментарии в админке то помещай эту модель в папку frontend/models, удобнее будет подключить ( use app/models/Comments; ) если же тебе надо вывести какую то статистику только в админке то создавай модели в папке backend/models.
Но ничего страшного не случится если ты модель создашь не в той папке, просто надо будет менять путь подключения в нейсмпейсе. А вот с контроллерами тут по другому, их ты создаешь только в нужном приложении, если создаешь контроллер StatisticsController который будет выводить какую то статистику то помещать его надо именно в бэкенд, потому что заходить на него ты будешь из админки, если же ты хочешь что бы он был доступен и из админки и из фронтенда - создай 2 контроллера. Надеюсь все понятно изложил