1. Конечно генерация JS кода в реалтайме на PHP, говнокод. Дальше появится желание писать вот так
<script>
var jsVar = <?= $phpVar?>;
</script>
А когда такого дерьма станет куча.... будет печаль.
2. Такой JS не будет кешироваться браузером, что всегда очень плохо.
3. Лучше бы, конечно, запилить отдельно JS код, который достает данные через data атрибуты (
<div data-some-value="12341"></div>
) , а php туда же сэтит.
НО, ЕСТЬ БОЛЬШОЕ ЖИРНОЕ НО
Все эти либы, это норм тема, если вы осознаете, что делаете, И вам нужен быстрый старт, или проект вообще очень мал. Тогда можно и не по феншую