Применим ли namespace к файлам, которые находятся выше корня сайта?
Например, чтобы скрыть всякие ini файлы словарей, конфиги, контроллеры, модели и т.д. за пределами корня сайта.
Можно ли тут применять namespace с автозагрузкой и если можно то как?
Какие вообще файлы следует прятать за пределы корня сайта и как их вызывать, если у тебя есть функция автозагрузки?
Очень тупой ответ - если сам пишешь функцию автолоада, то тебе и решать как искать по неймспейсам.
Файлы вообще желательно не цеплять автозагрузкой из мест, в которых не предполагается кода (т.е. белый список папочек лучше всего). Нормально для статики выделять свой раздел, для файлов сайта свой, а для общих (фреймворки/библиотеки) - отдельный раздел, общий для всех.
Те которые инклудятся можно оставить без наймспейса если нет на него отдельной необходимости (например на разные нейспейсы разные конфиги в одном файле и т.п.). А в файлах модели наверное без неймспейсов будет немного неудобно. В модели я бы оставил неймспейсы. Автолоад с нейспейсами удобно создать с помощью spl.