А в чем проблема то? Я конечно не большой специалист, но допустим есть таблица товаров на складе с полями ID, Name, Count. А для каждого магазина есть табличка с полями ID_tovar, Price, Sale. При добавлении товара на склад, добавляем строчку в таблички магазинов с нужными ценами\скидками\комментариями, а количество берем из таблицы склада.