Два микротика-- это правильно, одобряю.
Сервер -- да, можно обойтись обычным десктопом, с корпусом, куда можно воткнуть 8 или более дисков. Только дисковый контроллер я бы посоветовал внешний. Например, LSI 9300-i8. Под фряхой работает ОК, я проверял. Дисковая конфигурация: RAID10, собирать ZFS-oм. То есть, потребуется минимум 4 диска в сервер, и как минимум один в ЗИП, всего пять. Диски обязательно хот-свопные -- можно будет менять на ходу, без остановки сервера.
Обязательно обновить прошивку контроллера -- у него была подлая бага, что при детаче на ходу одного диска он отсреливал сразу все диски. Данные не страдали, но ZFS-пул дох, разумеется. Лечилось только ребутом.
Есть один тонкий момент. Порт Самбы под BSD имеет косяки. По крайней мере, имел в версии 3.4, 3.5. При использовании файловой базы 1С более чем 2-3 пользователями одновременно резко просаживалась производительность. Это было связано с особенностями реализации блокировок открытых файлов, и насколько я помню, никак не лечилось. Возможно, в 4-ой версии это починили, но на момент моих исследований (года 4-5 назад) команда Самбы слала всех лесом, мотивируя это тем, что "у нас на линухе всё работает". Так что сначала надо протестировать производительность, перед вводом в прод. Чтобы потом не пришлось судорожно менять ОС.
Из железа ещё -- поищите БУ HP Proliant Microserver, 7 или 8-го поколений. Это отличные машинки, надёжные и с хотсвопными корзинками. И БУ они стоят недорого. Gen8 дороже, конечно, но тоже можно раскошелиться, там цены от 18 до 50 тысяч, в зависимости от комплектации. Gen8 лучше тем, что у них есть встроенный адаптер удалённого управления, с IPMI и IP-KVM. Дисковая корзина там на 4 диска, на 5-ый можно поставить систему. 5-ый ставится обычно в лоток от CD-ROM, есть специальные адаптеры, но можно и просто так положить. Только диск нужен будет 2.5". Дисковый адаптер туда тоже можно поставить, но только предыдущего поколения, т.е. LSI 9200 -- там (в сервере) SAS-разъём другой, к 9300-8i бэкплейн сервера не подключить.
Устройство для хранения бэкапов -- обязательно отдельное. Т.е. отдельный системник.
Готовые коробки типа QNAP/Synology -- это треш и угар, лучше даже не вязаться. Для дома ОК, для конторы -- нет. Максимум, что им можно доверить -- это хранение файлов бэкапов, и всё. Да и то, лично я бы не стал, больно много у них прибабахов.