Внезапно /opt :) Ну или /usr/local - по вкусу. Вообще в UNIX нет понятия "можно-нельзя" (да собственно и в винде тоже) - создать каталог /popa а корневом разделе (и подкаталоги bin, sbin, etc ...) и устанавливаь туда программы никто не помешает :)
Я например и посейчас придерживаюсь правила - все, что поставлено не через emerge - класть в /usr/local (как правило emerge туда ничего не ставит)
Простой