Скрипты автозапуска пишутся на bash www.bash-scripting.ru/abs/chunks/, но можно писать и на perl или python. Главное чтоб интерпретатор стоял на системе. Удачи в изучении bash
perl -p -i -e 's/^M//g' dosfile
только тут хитрость для ввода символа ^M необходимо нажать клавишу Ctrl и удерживая ее нажать v и m, должен получится символ ^M
