это баг IE.
В рабочих примерах меняется не top элемента , а background-position фонового изображения. Возможно в этом причина.
вот рабочий пример на jQuery с исходниками.
www.richardshepherd.com/smashing/parallax/backgrou...
https://github.com/richardshepherd/Parallax-Scrolling
Сейчас попробовал заменить вашу parallaxanimation() на свою, которая меняет background-position, результат -background в IE начал отрисовываться нормально без рывков, с альпинистом думаю самостоятельно разберетесь и нужно заменить магическое число speed=12 на что то более разумное
var my_parallaxanimation = function () {
$(".isvisible .parallax, .isvisible.parallax").each(function () {
var $self = $(this);
var speed = 12;
// Scroll the background at var speed
// the yPos is a negative value because we're scrolling it UP!
var yPos = -($(window).scrollTop() / speed);
// Put together our final background position
var coords = '50% ' + yPos + 'px';
// Move the background
$self.attr("style", "");
$self.css({ backgroundPosition: coords });
});
}