Договор всегда можно подписать по почте, обменяться сканами для того чтобы начать работать и потом в бекграунде - переслать бумагу туда сюда обычной почтой.
Для ИП на УСН6% налоговая не просит макулатуру предоставлять. Можете оставить себе только сканы, если бумага сильно раздражает.
Бухгалтерию вести можно онлайн достаточно удобно в онлайн сервисе MoeDelo я
пользуюсь, все устраивает. Есть похожие.
В плане внутренней неприязни к бумажной волоките и прочему подобному - если хотите легально крутиться самостоятельно, а не на работу ходить, лучше сразу привыкайте к мысли, что помимо любимой деятельности придется делать всякое прочее, в том числе - совсем неинтересное. Придется разобраться в необходимых сопутствующих индивидуальному бизнесу областях.
Ликбез по ИП - советую сайт
ipipip.ru. Выглядит он устаревшим, но информация актуальная. Мне в свое время очень помогла сориентироваться.