Проблема оказалась при установке в директорию, которая примонтирована из хост машины. Если делать установку из директории выше, то всё ок.
Т.е. директория /var/www/site.ru/www примонтирована, в ней не устанавливается.
в директорию, которая не синхронизируется /var/www/site.ru/test установилось без ошибок.
Решение, установить в другую директорию, затем скопировать все файлы в рабочую.
Upd.
Обновлю ответ для будущих читателей. Помогает смена типа синхронизации:
folders:
- map: C:/projects/site.ru/www/
to: /var/www/site.ru/www/
type: smb