Да, в общем случае вы можете подменить скрипт некоего сайта своим, модифицированным скриптом. Но если авторы этого сайта всерьез опасаются таких подмен, они могут делать проверки, не подменили ли их скрипт. Ну типа md5(someFunction.toString()) и отправлять эту информацию тоже. И если каждый раз они ожидают уникальный хеш, вам будет довольно сложно сделать подмену.
В любом случае, проще делать это через настройки браузера и плагины. Если интересно, почитайте про tor browser, а заодно про всякие whonix и типа того.