Александр

Возможно, параметр сеанса НаличиеОбменаССайтом инициализируется в модуле обычного приложения, вместо модуля сеанса. Т.к. автоматический обмен, скорее всего, настроен с полными правами, то выполняется он на сервере, где модуль обычного приложения не выполняется, а значит не инициализируется необходимый параметр сеанса.

В "Конвертации данных" загрузить правила, найти соответствующее для номенклатуры правило конвертации объектов и в нужном обработчике (скорее всего ПриВыгрузке, на память точно не вспомню) прописать условие типа:

Если Значение.Код <> "0100000" Тогда
    Отказ = Истина;
КонецЕсли;