Посмотрите в DevTools какие точно значения уходят на бэкенд, тогда будет понятно, где проблема. Приведённый код ничего вырезать не должен, проблема где-то в другим месте.
Это не мысль, это факт - никакого другого объяснения и быть не может в данном случае. В php разные файлы настроек для разных сред, поэтому директива может быть включена для веб-сервера, но выключена для cli. У вас сейчас именно так. Убедиться в этом легко - достаточно в консоли выполнить php -i | grep short_open_tag.
