alexalexes

WITH RECURSIVE
-- Тестовая выборка. Если есть "живая" таблица, то эту выборку можно убрать  
 t as (select 10.000 value union
           select 10.001 union
           select 10.002 union
           select 10.003 union
           select 10.005 union
           select 10.009 -- специально добавил контр. пример
          ),
-- Таблица-генератор последовательности чисел от min(t.value) до max(t.value) с шагом 0.001 с помощью CTE (есть ограничение по глубине рекурсии!)
num_series AS (
  SELECT (select min(value) from t)  AS num
  UNION ALL
  SELECT num + 0.001 FROM num_series
   WHERE num < (select max(value) from t)
)
-- Запрос, в котором сопоставляем таблицу генератор и исходную таблицу, чтобы найти недостающие кванты
SELECT * 
  FROM num_series
 where not exists(select t.value from t where t.value = num_series.num)
     and num_series.num >= 10.000

PS: Нужен MySQL 8 версии и выше, postgres, или СУБД из интерпрайзного сегмента.

при желании ее удалять

Скорее очищать данные работы программы. Вряд ли вы держите исходный код программы в таблицах БД, чтобы потом ее удалять.
Не вполне понятно, как называются таблицы, которые вы хотите очищать (сами таблицы как объекты БД останутся, удалится только их содержимое). Но по вашему фрагменту можно что-то работающее при посте action=delete написать так:

if(isset($_POST['action']) && $_POST['action'] == 'delete') // есть action и он равен delete
{
    $link = mysqli_connect($host, $user, $password, $database);
    $sql = "DELETE FROM `program_day_1`"; // по одной инструкции удаления на каждую таблицу
    $res = mysqli_query($link, $sql);
    $sql = "DELETE FROM `program_day_2`";
    $res = mysqli_query($link, $sql);
    mysqli_close($link);
    header('location: program-admin.php');
}

Есть два дилетантских момента построения БД:
1. Используется строковый тип данных вместо целочисленного на всех полях, где оно используется как идентификатор, (все, что ...id).
Вероятно, второе следствие наивного проектирования БД:
2. На поля, которые участвуют в соединении таблиц или в условии фильтрации через where не предусмотрены индексы. По данному запросу сразу просится проверить наличие или создать индексы на:
`products`.`category_id`, `product_filter_value`.`value_id`, `product_filter_value`.`product_id`.

Еще явное приведение к типу char работает:

select instr(convert(json_unquote(json_extract('{"name": "Gamma Electronics"}','$.name')), char), 'ga')

Либо в приложении ищите зачатки alter table (не факт, что chat_id добавляют как параметр из какого-нибудь конфига), либо в хранимых процедурах СУБД.

Проектируйте структуру базы данных так, чтобы сохранялась полная история действий над каждым классом данных, словно сохраняете лог для спец. служб.
Api пользователя не должно использовать DELETE, только INSERT, и UPDATE только для выставления даты удаления записи, выставления метки последней актуальной записи истории. Операцию DELETE имеет право использовать только служебный метод для зачистки истории, когда устаревшие записи становятся неактуальными ни для одного актора системы.

Во-первых, нужно узнать, где находиться файл error_log, куда сервер пишет ошибки.
Во-вторых, в любой непонятной ситуации добавляем в начале скрипта принудительное рапортование ошибок в лог и вывод их пользователю в начале скрипта:

<?php
error_reporting(E_ALL); // репорт ошибок в файл error_log
ini_set('display_errors', 'On'); // вывод сообщения об ошибке

В-третьих, не стесняемся пользоваться функцией var_dump/print_r для любых переменных, где есть сомнения, что они содержат нужные значения.
var_dump($_POST);
В-четвертых, при изучении любой библиотеки взаимодействия с СУБД первым делом лезем в справку и ищем, как вывести человекочитаемые ошибки. В PDO это метод errorInfo. Применяем его после любой операции с СУБД - коннектом, подготовкой запроса, выполнением запроса, выборкой результата:
var_dump($pdo->errorInfo());
В-пятых, в браузере F12, вкладка "Сеть". Смотрим, а на тот ли адрес идет запрос отправки формы. Изучаем HTTP заголовки, полезную нагрузку, ответ от сервера.

Вот пример базовых навыков PHP разработчика. Без них можно даже не открывать видосики.

писать скрипт, который будет вытаскивать по запросу необходимые записи, далее для каждой записи разбирать сер.массив, находить нужное значение, изменять его и затем записывать новый массив с изменённым значением в БД

Именно так. Но лучше найти вариант вытаскивать список статей с помощью объектной модели движка самой CMS, и каммитить сохранение статьи тоже методом из объекта CMS (и не забыть еще дернуть метод очистки кэша страницы, или всего сайта, или части его контекста).
Если у вас сайт высоконагруженный, то лучше разобраться с объектами CMS. Если нет, или не охота углубляться под капот CMS, то можно самописным скриптом поправить записи в базе, и не забыть сбросить кэш уже в панели управления CMS.
PS: С drupal не знаком, но в любой CMS проблема будет решаться именно так.

Если у вас MySQL 8, то дубликаты телефонов можно найти тривиально:

select A.*
  from (SELECT `date`, `name`, phone, count() over (partition by phone) phone_count
        FROM `myusers`
) A
where A.phone_count > 1
ORDER BY date ASC

Если MySQL 5, то придется немного по сложнее:

select `date`, `name`, phone, p.phone_count
from `myusers` as mu
join (SELECT phone, count(*) phone_count
         FROM `myusers`
         group by phone) p on p.phone = mu.phone
where p.phone_count > 1
ORDER BY mu.date ASC

Если у вас MySQL 8+ версия, то список чатов получается тривиально - используя оконную функцию:

SELECT A.*
from (
SELECT class_messages.id as class_messages_id,
      `class_messages_chat`.`to_user_id`,
       `class_messages_chat`.`from_user_id`,
       `class_users`.`id`,
       `class_users`.`user_status`,
       `class_users`.`online`,
       `class_messages_chat`.`chat_id`,
       `class_messages_chat`.`ad_id`,
       `class_ads`.user_id,
       `class_ads`.title,
       row_number() over (partition by `class_messages_chat`.`chat_id` order by class_messages.id desc) rn -- этой функцией нумеруем в пределах чата сообщения
    FROM `class_messages_chat`
    inner join `class_ads` on `class_messages_chat`.ad_id = `class_ads`.id
    INNER JOIN `class_users` ON `class_users`.`id`=`class_ads`.`user_id`
    inner join `class_messages` on `class_messages_chat`.`chat_id` = `class_messages`.`chat_id`
WHERE (   `class_messages_chat`.`to_user_id` = 133337
       or `class_messages_chat`.`from_user_id` = 133337)
and class_messages_chat.chat_id is not null
) A
where A.Rn = 1 -- оставляем, все что с первым номером счетчика
order by A.class_messages_id desc

В mySQL 5.7

SELECT A.*
from (
SELECT
      `class_messages_chat`.`to_user_id`,
       `class_messages_chat`.`from_user_id`,
       `class_users`.`id`,
       `class_users`.`user_status`,
       `class_users`.`online`,
       `class_messages_chat`.`chat_id`,
       `class_messages_chat`.`ad_id`,
       `class_ads`.user_id,
       `class_ads`.title,
  IF(@prev <>  `class_messages_chat`.`chat_id`, @rn:=1,@rn), @prev:= `class_messages_chat`.`chat_id`, @rn:=@rn+1 AS rn -- этой функцией нумеруем в пределах чата сообщения
    FROM `class_messages_chat`
    inner join `class_ads` on `class_messages_chat`.ad_id = `class_ads`.id
    INNER JOIN `class_users` ON `class_users`.`id`=`class_ads`.`user_id`
    inner join `class_messages` on `class_messages_chat`.`chat_id` = `class_messages`.`chat_id`,
     (SELECT @rn:=1)rn,
     (SELECT @prev:=-1)prev
WHERE (   `class_messages_chat`.`to_user_id` = 133337
       or `class_messages_chat`.`from_user_id` = 133337)
and class_messages_chat.chat_id is not null
order by class_messages.id desc
) A
where A.Rn = 1 -- оставляем, все что с первым номером счетчика

Второй вариант для 5.7, если некорректно будет работать сортировка.

select B.*
from (SELECT A.*,
           IF(@prev <> A.chat_id, @rn:=1,@rn), @prev:= A.chat_id, @rn:=@rn+1 AS rn -- этой функцией нумеруем в пределах чата сообщения
from (
SELECT
      `class_messages_chat`.`to_user_id`,
       `class_messages_chat`.`from_user_id`,
       `class_users`.`id`,
       `class_users`.`user_status`,
       `class_users`.`online`,
       `class_messages_chat`.`chat_id`,
       `class_messages_chat`.`ad_id`,
       `class_ads`.user_id,
       `class_ads`.title
    FROM `class_messages_chat`
    inner join `class_ads` on `class_messages_chat`.ad_id = `class_ads`.id
    INNER JOIN `class_users` ON `class_users`.`id`=`class_ads`.`user_id`
    inner join `class_messages` on `class_messages_chat`.`chat_id` = `class_messages`.`chat_id`
WHERE (   `class_messages_chat`.`to_user_id` = 133337
       or `class_messages_chat`.`from_user_id` = 133337)
and class_messages_chat.chat_id is not null
order by class_messages.id desc
) A,
(SELECT @rn:=1)rn,
     (SELECT @prev:=-1)prev
) B
where B.Rn = 1 -- оставляем, все что с первым номером счетчика