писать скрипт, который будет вытаскивать по запросу необходимые записи, далее для каждой записи разбирать сер.массив, находить нужное значение, изменять его и затем записывать новый массив с изменённым значением в БД
Именно так. Но лучше найти вариант вытаскивать список статей с помощью объектной модели движка самой CMS, и каммитить сохранение статьи тоже методом из объекта CMS (и не забыть еще дернуть метод очистки кэша страницы, или всего сайта, или части его контекста).
Если у вас сайт высоконагруженный, то лучше разобраться с объектами CMS. Если нет, или не охота углубляться под капот CMS, то можно самописным скриптом поправить записи в базе, и не забыть сбросить кэш уже в панели управления CMS.
PS: С drupal не знаком, но в любой CMS проблема будет решаться именно так.