Довольно трудно понять без дополнительных уточнений вашу инфраструктуру, но попробовать можно, предположим:
1. У вас куплено доменное имя mydomain.ru, купленное у провайдера который вам предоставил управление зоной DNS (первичный и вторичный).
Тогда нужно сделать запись (в синтаксисе bind):
"@ 86400 IN A IPVDS"
2. Для сайта на хостинге beget нужно сделать запись
"www 86400 IN A IPBEGET"
3. Для сайта на юкозе
"mysite 86400 IN A IPUCOS"
тогда на
mydomain.ru будет откликаться VDS
www.mydomain.ru будет откликаться сайт BEGET (там нужно настроить виртуальный сервер apache на это имя, но это отдельный вопрос)
mysite.mydomain.ru - будет откликаться сайт UCOS (тоже потребуется настройка виртуального сервера)
но в данной ситуации если уже работает BEGET/UCOS, то проще сделать запись
vds 86500 IN A MyVDSIP
и подключатся к vds по адресу vds.mydomain.ru...