Немного покопался глубже и понял, как можно сделать. Да, комиссию высчитывать у себя и отправлять на перевод.
Заметил, что HTTP-уведомление (
https://tech.yandex.ru/money/doc/payment-buttons/r... Параметры уведомления) присылает
notification_type по которому и можно понять, совпадает ли способ, который выбрал пользователь у меня на сайте с тем, что пришел. Если они разные, а тем более на повышение комиссии, то просто отклонять.
С мобильными операторами придется брать по максимум комиссию (около 16%), другого способа не придумал.
Спасибо за обсуждения.