Начнем со сниппетов.
В Atom есть очень хороший стандартный сниппет - CTRL + /. Как вы уже догадались, он создает комментарий и, кстати, очень хорошо работает с выделением. Что касается специализированых сниппетов - если поставить плагин на JS(если не ошибаюсь) добавляются всякие там TODO и HACK.
Что касается оформления комментариев - тут так же, как и с кодом: главное - красиво и читабельно. Стоит уяснить всего две простые вещи: комментируйте только основные моменты и отличайте коммиты от комментов. Первое - просто. Не нужно пояснять каждую команду, объясняйте, что происходит, для чего та функция или переменная. Второе - сложнее. Нужно понимать, чтто в коммитах объясняют ПОЧЕМУ вы исправили и дополнили код, а в комментариях именно про общую картину.
Удачных комментариев)