Исходя из конфига, на который дана ссылка в комментариях к посту, могу сказать следующее:
Переделывайте правила mangle. Они у нас просто напросто не работают. Вы пытаетесь ловить транзитный трафик на input цепочке - это бессмысленно. dst-nat трафик, если он не заворачивается на локальный айпишник микрота, в input цепочку не попадает. Это транзитный трафик, он у вас должен уйти на forward цепочку. При этом ловить вы его можете на форварде, но когда он уже пойдёт в обратную сторону, поскольку маршрут определяется сразу после prerouting цепочки, до попадания в forward или input. Ознакомьтесь с
packet flow диаграмами, включая routing diagram и packet flow chains.
В итоге, по всей вероятности, микрот ответы от сервера попросту маршрутизирует не туда, куда вы ожидаете, согласно main routing table.