Или в таком случае можно обойтись без локалки и просто на сервере держать две ветки - основная и develop
Нет. Переключение между ветками меняет структуру папок и файлы. Нельзя одновременно находится в двух ветках одного репозитория.
Создавайте репозиторий сначала на сервере, потом клонируйте локально.
P.S. Лучше поставить на виртуалку CentOS, настроить рабочее окружение и тестировать там.