XEHKOK

Поздравляю с Майнером, система однозначно была скомпрометирована, вот гайд по устранению этого майнера: https://habr.com/ru/articles/582830/
А вообще лучше снести систему и накатить все по новой, скорее всего вы не заметили но базу вашу почистили создали там таблицу read me с просьбой пополнить криптокошелек и тогда восстановят данные, если это продовый сервер то мониторьте каналы ТГ по сливам на наличие ваших данных в сливах.
Удачи вам, и закрытых портов для ваших сервисов)

Я обычно стягиваю конфиги софта для новых проектов из оф образов.
1) Можно как просто запулить сбилдить и запустить софт, так и через Dockerfile или даже docker-compose up -d --build, это уже личное дело как религия позволяет)
Вытягиваю обычно так:
PHP:
docker cp имя контейнера или сервиса:/usr/local/etc/php-fpm.conf /var/www/projects/mynewproject/docker/php/php-fpm.conf
docker cp имя контейнера или сервиса:/usr/local/etc/php-fpm.d/www.conf /var/www/projects/mynewproject/docker/php/www.conf
docker cp имя контейнера или сервиса:/usr/local/etc/php/php.ini-development /var/www/projects/mynewproject/docker/php/php.ini
Левые пути это размещение в контейнере конфигов, правые пути это куда копировать на хост системе.
После получения исходных конфигов прописываю их в Dockerfile сервиса PHP:
COPY /var/www/projects/mynewproject/docker/php/php.ini /usr/local/etc/php/php.ini
COPY /var/www/projects/mynewproject/docker/php/php-fpm.conf /usr/local/etc/php-fpm.conf
COPY /var/www/projects/mynewproject/docker/php/www.conf /usr/local/etc/php-fpm.d/www.conf

Правда я делаю это не через волюм конечно, но это опять же вопрос религии)

Собственно аналогично можно вытянуть конфиги и для Nginx:
docker cp имя контейнера или сервиса:/etc/nginx/nginx.conf /var/www/projects/mynewproject/docker/nginx/nginx.conf
docker cp имя контейнера или сервиса:/etc/nginx/conf.d/default.conf /var/www/projects/mynewproject/docker/nginx/default.conf
Для нового Nginx даже вроде есть файл конфига шаблона: /etc/nginx/templates/default.conf.template, который можно взять за основу для виртуалхостов nginx.
Ну а для БД и прочего софта думаю не составит труда поковырять оф образы или погуглить)

2) Если правильно понял на счет модулей ext-php:
Тут несколько вариантов модули которые входят в базовую сборку php можно установить так:
RUN docker-php-ext-install -j$(nproc) soap
Те которые нужно установить и принудительно включить:
RUN docker-php-ext-install -j$(nproc) opcache && docker-php-ext-enable opcache
Еще есть которые нужно конфигурировать вроде zip:
RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends libzip-dev zip
RUN docker-php-ext-configure zip && docker-php-ext-install -j$(nproc) zip
А еще можно ставить из PECL расширения на примере pthreads:
RUN pecl install pthreads && docker-php-ext-enable pthreads

В общем докенезировать можно php проект главное знать основы докера и специфику софта который нужно в этом самом докере поднять.

Меня всегда удивляло то что стереотипные способы поднятия lamp или софт для веб сервера все еще актуальны по сей день.

Представьте что будет в результате установки стека например: Nginx+Apache+PHP-FPM.
Вы ставите Nginx прокси сервер.
Затем ставите Apache как веб сервер и поддержку htaccess.
Потом вы ставите PHP-FPM и прикручиваете его к Nginx или Apache.
В результате мы получаем непонятную кашу из такого стека, спросите почему? окей пруфы

Хотите использовать статику на nginx, зачем если предписывает большой объем медиа тогда планируйте cdn, а для обычной статики хватит полноценного веб сервера Apache.
Естественно Apache так же поддерживает PHP-FPM, и да про пулы воркеры и прочее расскажите моему деду, а использовать их почти как в nginx позволит mpm event в Apache.
Так как мы имеем полноценный веб сервер можно выкинуть nginx, к Apache прикрутить PHP-FPM, ну и бд под требование проекта pgsql or mysql.
В таком варианте у вас будет весь необходимый софт для веб сервера, и не будет лишних нагрузок из-за ненужных +100500 серверов.

Я рекомендую решение вашей задачи как Debian 9, Apache+PHP-FPM.

Немного разобрался в данном вопросе нашел обновленные исходники под обратную совместимость PCRE-PCRE2.
Нужно сделать конфигурацию Apache:

./configure --with-apr=/ваш/путь/до библиотеки apr --with-apr-util=/ваш/путь/до библиотеки apr-util --with-pcre=/ваш/путь/до библиотеки pcre2/bin/pcre2-config

Далее необходимо скачать два исходника такие как ap_regex.h и util_pcre.c, ссылки ниже:
ap_regex.h
util_pcre.c
На гите Apache есть уже эти файлы они написаны под PCRE и PCRE2 в зависимости от версии, походу в следующей версии apache нас ждет поддержка PCRE2 Ура товарищи))

После выполнения конфигурации apr-1.7.0 нужно изменить файл apr-1.7.0/build/apr_rules.mk в этом каталоге, и нужно добавить в конец строки где:
EXTRA_LIBS=-lrt -lcrypt -lpthread -ldl
Подключение библиотеки:
-lpcre2-8 -L/ваш/путь/до библиотеки pcre2/lib
После этих изменений нужно скомпилировать apr-1.7.0

make
make install

А потом необходимо тоже из исходников скомпилировать и APR-util.
Так же необходимо найти файл ap_config_auto.h, он находится в каталоге: httpd-2.4.41/include
В самом ap_config_auto.h вставить следующие строки:

/* Load PCRE2 */
#define HAVE_PCRE2 1

После данных действий можно выполнять компиляцию и радоваться:

make
make install