Евгений Вольф

На эту тему есть масса материала, например такого.

Самый простой и "безопасный" способ - соберите Nginx на другой машине с нужными параметрами, сделайте из него пакет и протестируйте его работоспособность. Это на 100% безопасно будет.

Чуть более опасно (в т.ч. с точки зрения "засрать сервер") - собрать Nginx где-то в стороне (например, в домашней папке) и запустить его оттуда руками. Если всё работает как надо - можете воткнуть его на законное место.

Альтернативный и безопасный вариант - скачать уже собранный кем-то Nginx с нужным Вам модулем.

P.S. Конфиги обычно не затираются (на моей памяти такого не было ни разу), но это не должно служить поводом не сделать их бекап.

Говоря еще проще у меня vps, и если зайти по ip, то я вижу свой сайт, но мне это не нужно. Сделать так чтобы открывался если зайти по домену.

А если "зайти" по IP что должно произойти? Сервер и/или компьютер "зашедшего" должны взорваться? :))

Один из вариантов, развития событий:
0. Открываем документацию по Nginx'у и читаем про директиву default_server
1. Создаём "сервер по умолчанию"
2. Придумываем, что там будет (например ошибка 404, пустая страница или "что-то ещё") и производим соотв. настройки

так понял это была старая конфигурация при которой файлы из /etc/nginx/sites-available/ инклудились в nginx.conf

Это не "старая конфигурация", а (как уже озвучил оратор выше) - дефолтные настройки, для дистрибутивов происходных от Debian (в т.ч. Ubuntu и масса других). Конфигурация ориентирована на хостинг-провайдеров, что бы можно было удобно "отключать" сайт, а не "полностью удалять" его (или его конфиг).

Где хранить конфиги - где Вам удобно, никакого практического занчения это не имеет, но исторически/традиционно конфиги располагаются в /etc, а конфиги отдельного приложения в /etc/имя_приложения, дальнейшее их размещение - дело вкуса/опыта/здравого смысла/личных предпочтений. Лично меня, полностью устраивает вариант размещения конфигов (это тот вариант, который Вам часто встречается) принятый в Debian.

На счёт того, инклюдить ли конфиг каждого сайта в основной конфиг - абсолютно дело вкуса, если у Вас 1.5 сайта, то смысла особо заморачиваться нет и можно всё в основной конфиг вписать, если у Вас дюжина сайтов с разнами настройками - думаю, стоит вынести их настройки в отдельные файлы. А если у Вас сотня сайтов, и некоторые из них периодически надо отключать (за неуплату например) - debian-вариант конфигурации (описанный ранее) выглядит вполне привлекательно.

/etc/nginx/nginx.conf, подробности

UPD. Обновил картинку.