тогда для чего нужен hmvc?Некоторые преимущества и возможности HMVC в Кохане хорошо расписал один из разработчиков (вот, кстати, её перевод).
как мне передать стили и скрипты к примеру?На этот вопрос нет единственно правильного ответа, каждый разработчик выбирает способ, который ему наиболее удобен. Никто не заставляет использовать Controller_Template или наоборот запрещает. Можете прикрутить любой шаблонизатор, который нравится — например, Smarty или Twig (есть модуль Kohana_Twig, правда не знаю поддерживает ли он KO3.1), можете использовать нативные шаблоны через Controller_Template или View::factory()
стоит ли вообще использовать Controller_template или лучше выводить шаблоны как то по другому?