DELETE FROM guild_users gu
INNER JOIN (
SELECT <Список полей по которым определяется дубль>, COUNT(*)
FROM guild_users
GROUP BY <Список полей по которым определяется дубль>
HAVING COUNT(*) > 1) guDubles on
guDubles.Поле1 = gu.Поле1 AND
guDubles.Поле2 = gu.Поле2 AND ... <Список полей по которым определяется дубль>