Vindicar

# HELP
bot.remove_command("help")
@bot.command(command/help.py)

# PROFILE
bot.remove_command("profile")
@bot.command(command/profile.py)

У меня такое чувство, что ты не вполне понимаешь что такое декоратор и как им пользоваться.
Да и конструкция вида command/profile.py не является синтаксически корректной в питоне.
Подучи основы языка. Вот кроме шуток.
Марк Лутц, "Изучаем Питон", 4е издание.
Потом вернёшься к боту, и уже не будешь спотыкаться на таких пустяках.

Во-первых, несколько асинхронных задач прекрасно уживаются друг с другом. На кой тебе вообще нужны потоки для этого? Чем не устроил loop.create_task(), или asyncio.gather()?

Во-вторых, куда проще завернуть долгий синхронный код в поток, а уже поток - в асинхронную задачу, чем наоборот. Подумай над этим.

В-третьих, технически ты можешь создавать свой цикл реактора (asyncio loop) в каждом потоке. Почитай доки на asyncio как это делается. Но нужно помнить, что async-объекты из разных реакторов не дружат друг с другом. Так что подчеркиваю красным: не надо это делать. Лучше сначала попробуй по-иному подойти к проблеме.

Удаление роли работает, а добавление нет?
Первое, что бросается в глаза - при удалении роли не проверяется ID поста, на котором была поставлена реакция.
ID точно задан корректно? Как целое число?

Это будет непросто.
Стандартный input() - строго синхронный, он остановит выполнение программы до своего завершения.
Можно попробовать что-то в духе:

import asyncio

loop = asyncio.get_event_loop()
bot = Bot(token=TOKEN)
dp = Dispatcher(bot=bot)

async def delay_exit():
    #запускаем input() без параметров в отдельном потоке
    # await не продолжит выполнение, пока поток не отработает
    # но в то же время цикл бота будет работать независимо от этого потока
    await loop.run_in_executor(None, input) 
    dp.stop_polling()
    await dp.wait_closed()
    await bot.close()

if __name__ == '__main__':
    loop.create_task(delay_exit()) # планируем выполнение delay_exit() и продолжаем
    loop.run_until_complete(dp.start_polling()) # работаем, пока dp.start_polling() не выполнится

Через loop.create_task() создаёшь долгоживущую корутину, которая крутится в цикле вида

async def my_long_task():
  while True:
    await do_stuff() # выполняешь нужные действия, например, проверяешь очередь сообщений для отправки
    await asyncio.sleep(60) # спишь минуту

Детали, вроде конкретных выполняемых действий, условий их выполнения, длительности сна или условия прекращения цикла, зависят от твоей задачи.

Никак, твоё решение с тремя .append() правильное.
Если при создании экземпляра класса он сам себя не регистрирует в каком-то списке или иной коллукции, то узнать о нём из другой части программы не получится.
А если и получится, то это потребует чертовски неочевидного хака, которым лучше не пользоваться.

1.

async def on_raw_reaction_add(self, payload : discord.RawReactionActionEvent):

Откуда self, функция же не в классе?

2.

intents = discord.Intents.default()
intents.members = True
keep_alive()
client.run(os.getenv("BOT_TOKEN"))

Создали объект intents, но не передаёте его боту в client.run(), и вообще никак не используете.

Однако, если сохранить файл с кодом страницы то в файле присутствует все необходимое.

Значит дело не в BS, а в том как ты выводишь содержимое в консоль.
Подскажу в чём может быть дело:

>>> print("foo\rbar")
bar

Символ \n - это перевод строки, но \r - возврат каретки. Если в искомой строке есть \r, но нет \n, то все строки будут выводиться поверх друг друга.

Интент member забыл включить поди?

import discord
intents = discord.Intents.all()
discord.member = True
bot = commands.Bot(command_prefix="!", intents = intents)

И на странице где ключ от бота получал тоже настрой интенты.

Уффф. Тут уже речь про основы синтаксиса питона.
Ваш первый код делает следующее.

num = list( #построить список из последовательности
    map( #вызываем функцию map()
        int, #первый параметр
        f.read().split() #второй параметр
    )
)

А второй код делает (точнее пытается) вот что

num = list( #построить список из последовательности
    map[ #обращаемся к объекту map и пытаемся получить значение по ключу
        int, #первый элемент кортежа-ключа
        f.read().split() #второй элемент кортежа-ключа
    ]
)

Так как map не является словарём или подобной коллекцией, то конечно это не работает, и генерирует именно такую ошибку, которую вы указали.
Я не пойму, откуда вообще взялась идея что можно просто заменить в вызове функции круглые скобки на квадратные, если у них совершенно разная семантика.
Ну и да, не может быть ничего кроме списка на выходе, так как результат работы map() (а это будет объект-генератор) явно преобразуется в список.
В общем, выше правильно посоветовали - почитайте учебник, того же Марка Лутца, "Изучаем Питон", хотя бы 4е издание. По-крайней мере такие ошибки отпадут.