1. Составляешь список интересующих тебя файлов с помощью модуля glob или pathlib.
2. С помощью регулярного выражения "\d+" (модуль re), вытаскиваешь из имен файлов последовательности цифр. Если их несколько, тебе придётся придумать критерий, какую брать (например, последнюю). Определяешь наибольшее количество разрядов.
3. Снова проходишься по списку имен с помощью
re.sub(). Второй аргумент re.sub() может быть не только строкой для замены, но и функцией - просто делаешь функцию, которая дополняет входящую строку нулями до желаемой ширины и возвращает её.
4. Если новая строка (с заменой) отличается от оригинальной, то переименовываешь файл с оригинальным именем в файл с новым именем, иначе оставляешь как есть.