1, 2, 3, ... 10, 11, 12, ... 100, 101, 102 001, 002, 003, ... 010, 011, 012, ... 100, 101, 102(1)*, (2)*, (3)*, ... (100)*, (101)*, так и маски названий файлов наподобие *№1, *№2, *№3, ... *№100, *№101, *№102. 
find . -type f -name '[0-9][0-9]\.txt' -exec bash -c 'mv $0 0${0#./}' {} \;
find . -type f -name '[0-9]\.txt' -exec bash -c 'mv $0 00${0#./}' {} \;[bitrix@centos-4gb-hel1-1 test]$ ls
10.txt 1.txt 2.txt 333.txt[bitrix@centos-4gb-hel1-1 test]$ ls
001.txt 002.txt 010.txt 333.txtfind -поиск рекурсивный. где -type f- только файлы-name- имя файла в данном сулчае ругулярка -execвыполнить с найденм, опция самого find -bash - bash ( поскольку нам нужно удалить ./ из имени файла а сам find это может сделать но нам нужно и оставить предидущий вариант для mv а тут уже все ){} подставить в exec вывод find\;экранируем и закрываем find
for i in {1..99}; do a=00$i; mv $i ${a: -3}; done 
max=$(ls -1 | grep -oP "[0-9]*"|sort -n|tail -n1)
length=$(sed "s/^0*//g"<<<"$max"|xargs expr length)
echo "Max number found: [$max], max length: [$length]"
ls -1|while read oldname; do
oldnum="$(grep -oP "[0-9]*"<<<"oldname")"
newnum=$(printf "%0${length}d" $(sed "s/^0*//g"<<<"$oldnum"))
newname=$(sed "s/$oldnum/$newnum/g"<<<"$oldname")
if [ -f "$newname" ]; then
echo "Kinly check the following files manually: $oldname $newname"
else
echo "Renaming [$oldname] to [$newname]"
# mv "$oldname" "$newname"
done