Андрей

Использовать быстрый SSD и мощный проц.

Не, не помогло(

ты в какой секции увеличивал max_allowed_packet ?
увеличь в секции
[mysqld] и в [mysqldump] ещё и таймауты надо увеличить будет скорее всего.

mysql> show variables like '%time%';

что выдаёт?

Да хоть от чего может быть начиная от просадок напруги линии БП и кончая нехваткой памяти озу или ГПУ или слабой самой ГПУ, не хваткой частоты ядра (в частозависимых играх Лара крофт например), нехваткой скорости обработки данных ЦП (малопоточность, мелкий кешь) и тд и тп. MSI Afterburner тебе в помощь. Хотя в твоём случае итак всё понятно.
в твоём случае всё слабое звено кроме ssd.

Я понимаю. что сложный запрос с 70000 записей может не сработать за минуту, но висеть часами это уж слишком.

такое дело лучше через ssh(putty) делать.
А так вообще в php.ini увеличивайте max_execution_time, max_input_time, memory_limit, в nginx.conf увеличивайте
client_max_body_size, client_body_timeout, client_header_timeout, send_timeout и если пых как fcgi то то тоже увеличивайте вот эти таймауты fastcgi_send_timeout и fastcgi_read_timeout
должно помочь.

надо вывод команд top и htop зырить. Ещё free -m покажи чего показывает. Логи зырить мускуля и пыха.
Пересобери php как php-fpm (удали апач) уже в разы будет меньше нагрузки. /var/spool/cron чего там есть интересного?

Фотошоп, игры: хотелось бы в новинки поиграть, но вряд ли получится.

на эти деньги даже половинку видеокарты не купишь для новых игр=) Не говоря о всём компе уже=)
Забей. Не выкидывай деньги. Тут уже ничего не апгрейдишь. Фотошоп вытянешь но не так как хотелось бы и то=)
Но для игр то что тебе щас насоветуют i5 2x i7 начальные всё это днище 2016 года. И даже для fullhd игр самый минимум надо gtx 1070 которая стоит от 36К.

Может ли api.example.com отправить Cookie на dev.example.com? Т. е. возможен ли обмен Cookie меджу поддоменами?

С чего это невозможен? Может! Домен 1 example.com !!! Значит можно связать все поддомены его.
Если на пыхе то в php.ini:
session.cookie_domain = .example.com
но как выше заметили куку надо от example.com создавать. Это проблема?

На 4К чтоли играешь? Как именно тормозит? Фризы? или фпс низкий? Какой блок питания у тебя? Какие тайминги на ОЗУ стоят (дай ссылку на свою память я тебе скажу как выставить надо, есть ещё чуйка что у тебя не на максимальной частоте она пашет и с длинными таймингами)? На full hd на ультре у тебя все игры должны 60+ fps выдавать кроме tom clancy wildlands.
msi afterburner поставь выстави в ОЭД загрузку ГП, загрузку ЦП, Загрузку ОЗУ, и частоту кадров. Посмотришь чё во время лагов происходит.
А так я с таким встречался и не раз.
Что надо сделать?
1. В настройках nvidia выставляй работу видеокарты в режим максимальной производительности.
2. В винде в электропитании выставляй режим максимальной производительности.
3. Отключай GameDvr forums.playground.ru/software/windows/windows_10_g...
4. Поотключай в биосе все энергосберейки.
5. Попробуй в игре отключить вертикальную синхронизацию.
6. На сетевом адаптере и usb выстави режим максимальной производительности и убери отключение ssd через 20 минут поставь 2000.
7. Выстави файл подкачки 20 гиг (у меня были трабы с какими то старыми играми из за этого)
8. Переустановить дрова nvidia через DDU!!!!!
9. Посмотри последний биос для твоей видеокарты https://www.techpowerup.com/vgabios/ прошейся до него
10. Обнови биос мат платы до последнего.
11. Вот тебе в придачу прочитай посмотри всё https://forums.overclockers.ru/viewtopic.php?t=568822 (Проблема актуальна по сей день)

выруби iptables на обоих серверах:
/etc/init.d/iptables stop
service iptables stop
и пробуй

в корень сайта залей 1.php с содержимым:

<?php
phpinfo();
phpinfo(INFO_MODULES);
?>

там увидишь какой php.ini именно используется. в нём и отключай опкэшь, потом /etc/init.d/php-(fpm)(7.0/1) restart
Но ты правильно заметил что даже при таком раскладе данные могут остаться в opcache тут можешь качнуть вот отсюда index.php https://github.com/amnuts/opcache-gui и зачистить (кстати удобная админочка для опкэша).

Куллер: gammaxx 200t

этот куллер максимум для 2ух ядерных процев. У вас K с мини разгоном как вы говорите там уже минимум 130W.
как вообще такой хлам можно поставить на i7-8700K? Ставьте люцифера или красную шапку. Если хотите что то потише то только дарк рок про 3. В идеале водянка да.

Как только появляется нагрузка (рендер/стресс тест) то температура за 2-3 секунды растет до 90 градусов и держится. Кулер процессора начинает заметно повышать обороты через 1-2 минуты.
Как нагрузка исчезает температура опять за 2-3 секунды падает до 30 градусов.

Куллер гавно.
А остывыет быстро потому что само собой нагрузка падает и с радика идёт быстрый выдув тёплого воздуха задней вертушкой и темпа с проца переходит уже сразу на более холодные трубки радика куллера. Это даже хорошо что так.

Но эта сборка выдавала 100-140 фпс в кс го максимум

а тебе скоко надо на этой сборке 10 000 фпс?

Geforce gtx 1050

Это не видеокарта, это затычка 128 битная

тут пережми свой jpeg без потери качества www.jpegmini.com
png тут https://tinypng.com/
кеширование статики настраивается в nginx:

location ~* ^.+\.(jpg|jpeg|gif|png|ico|svg|js|css|txt|mp3|ogg|mpe?g|avi|zip|gz|bz2?|rar)$ {
access_log off;
expires 30d;
break;
}

А что показывает страницы вида https://domaim.ru/path/ ?
прописать её в конфиге сайта от nginx:

error_page 400 = https://domaim.ru/stranicaoshibki;