в корень сайта залей 1.php с содержимым:
<?php
phpinfo();
phpinfo(INFO_MODULES);
?>
там увидишь какой php.ini именно используется. в нём и отключай опкэшь, потом /etc/init.d/php-(fpm)(7.0/1) restart
Но ты правильно заметил что даже при таком раскладе данные могут остаться в opcache тут можешь качнуть вот отсюда index.php
https://github.com/amnuts/opcache-gui и зачистить (кстати удобная админочка для опкэша).